Gus Yusuf kemudian memperdalam ilmu agama ke Pesantren Salafiyah Kedung Banteng Purwokerto, Pesantren Salafiyah Bulus Kebumen.
Memasuki era pergolakan reformasi 1998, Gus Yusuf bergabung dengan beberapa elemen organisasi kemasyarakatan dan mahasiswa untuk ikut berdemonstrasi.
Pada 1998, Mbah Dur mengajak Gus Yusuf mengawal reformasi melalui partai politik yang didirikannya bersama Gus Dur yakni Partai Kebangkitan Bangsa atau PKB.
Pada 1999 sampai 2007 dia memimpin Dewan Pimpinan Cabang PKB Kabupaten Magelang.
Memasuki tahun 2007 ketika terjadi konflik partai antara kubu Gus Dur dengan Muhaimin Iskandar, dia dipercaya menjabat sebagai pejabat sementara Ketua DPW PKB Jawa Tengah.
Ia sempat tak menduduki jabatan struktural di PKB dan tampil lagi pada 2013 menjadi Ketua DPW PKB Jawa Tengah.
Selain di bidang keagamaan, Gus Yusuf juga berkiprah di bidang seni dan budaya dengan menggelar perhelatan seni budaya bertajuk Suran Tegalrejo setiap tahun.
